1. Cluster do GENEV / IBIO - UFBA. 2. DocuMentacoes. 3. HistoricoLabiocomp

O GENEV está equipado com um cluster para computação científica rodando em linux Debian Squeeze. Contamos hoje com duas CPUs em funcionamento para acesso aos usuários, sendo elas um servidor de rede para o cluster (clustermaster) e um servidor para a distribuição de trabalhos no cluster (darthvader). O cluster própriamente dito é constituido por 9 CPUs interligadas via switch 10/100 mbps de 48 portas.

Agredecemos em especial a todas as pessoas que nos ajudaram a configurá-lo. Na foto, da direita para a esquerda de cima para baixo, nossos amigos e colaboradores Wagner Freitas, Victor Villas-Boas, Aullus Galassi, Guilherme Rocha e eu Rodrigo Zucoloto. E também aos que não estão na foto, mas colaboraram igualmente com cofigurações ou dicas: Italo Valci, Antônio Terceiro e Rafael Gomes.

Estágio de desenvolvimento do cluster

ClusterMaster Estado DarthVader Estado Observações text
Servidor DHCP - Guilherme não OpenLdap? - Rafael sim    
Webmin - Guilherme sim NFS - Guilherme sim    
SSH sem senha - Vitor (Pelo root e por fora do Ldap) sim SSH sem senha - Vitor (Depende de OpenLdap? e NFS) sim    
NFS - Guilherme não Webmin - Vitor sim    
Zabbix (Monitoramento) - Rafael sim Torque - Guilherme sim    
VPN (Controle de acesso) - Rafael sim Servidor DHCP - Guilherme e Rafael sim    
           
           
           

Triagem de Softwares

Tarefa: Completar a tabela abaixo com as informações solicitadas. Clique no botão edit abaixo da tabela.

Software Plataforma Licença Paralelizado Comentários
Arlequin windows, unix/linux , mac proprietária não Software de genética das populações. Proprietário, mas grátis. Aparentemente é feito em C++ e Java.
Bioedit windows proprietária não Editor de alinhamento de seqüencias usa clustalW e blast. Para 95/98/NT/2000/XP. Aparentemente é freeware sem disponibilização de código fonte.
BIOSYS 1        
Clustalx windows, unix/linux , mac   não O Clustalw é um programa largamente usado para alinhar sequências e possui uma interface gráfica chamada Clustax.ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/clustalw2/[Disponível em]]
Cópia da licença
DAMBE        
DNAsp        
DNAstar        
GDA        
Gemoda   GPL não unix/linux based system for finding motifs in a genetic sequence. (ie. identify motifs in promoters.
GENEPOP        
GEODIS        
HY PHY        
Macclade        
Mega        
Modeltest        
Paup windows, unix/linux , mac proprietária não Ferramentas para interpretação de árvores filogenéticas. A versão pra linux está sendo vendida por USD150
Phylip        
Seqpup        
Simplot        
Strap unix/linux , mac GPL não Feito em Java, BioJava? , scriptável. Acredito ser uma ferramenta ideal a ser facilmente paralelizada.
The free computer program STRAP supports the analysis of hundreds of proteins and integrates amino acid sequence, secondary structure, 3D-structure and genomic- and mRNA-sequence and residue annotation.
Tree puzzle        

Algumas distribuições para cluster e bioinformática:

- PelicanHPC? : http://idea.uab.es/mcreel/ParallelKnoppix/

- birgHPC: http://birg1.fbb.utm.my/birghpc/

- Biobrew: http://linux.softpedia.com/progDownload/BioBrew-Linux-Download-2059.html

Links interessantes:

- https://springerlink3.metapress.com/content/wwuewa4120yak2b1/resource-secured/?target=fulltext.pdf&sid=5kgbrpeox01e0dl3nbwnwxsc&sh=www.springerlink.co

- http://dl.acm.org/citation.cfm?id=1244038&dl=ACM&coll=DL&CFID=45851892&CFTOKEN=99246229

- http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/

- http://dgp.cnpq.br/buscaoperacional/detalhegrupo.jsp?grupo=8699103FMW8HOY

- http://hpc.cs.tsinghua.edu.cn/research/cluster/pbb/index.html

This topic: LabioComp > WebHome
Topic revision: r28 - 01 Oct 2013 - 12:04:50 - RodrigoZucoloto
 
This site is powered by the TWiki collaboration platformCopyright &© by the contributing authors. All material on this collaboration platform is the property of the contributing authors.
Ideas, requests, problems regarding TWiki? Send feedback