O Programa foi criado em 2000, e a cronologia de criação de seus cursos pode ser observada na Figura abaixo
O Programa tem sido pioneiro em termos de formação de pessoal pós-graduado na área de Ecologia na Região Nordeste. Quando seu Mestrado Acadêmico foi criado, ele representou o segundo curso da Região e o único a orientar alunos em pesquisas também em ecossistemas terrestres. Isso se refletiu na intensa procura por candidatos nos seus primeiros anos de existência. O perfil do curso de Mestrado Acadêmico, que inclui a formação em biomonitoramento, também representou um diferencial importante que passou a atrair candidatos de outros estados e de outros países. O mapa abaixo a origem variada dos estudantes que vêm realizando os cursos do programa, que são oriundos do próprio estado (verde), de outros estados do Brasil (amarelo) e de outros países (laranja). Em certos momentos, a proporção de alunos de fora do estado tem chegado a 50%.
A proposta de criação do Doutorado pelo Programa foi submetida à CAPES quando ainda não havia, no Nordeste, nenhum curso de Doutorado na área de Ecologia. Finalmente, quando apresentada a proposta de criação do Mestrado Profissional, apenas um curso com esse perfil havia sido implementado no país.
Quando de sua criação, o Programa atendia anualmente 15 alunos de Mestrado Acadêmico. Atualmente, o Programa abre, por ano, vagas para cerca 25 estudantes de Mestrado Acadêmico, 35 de Mestrado Profissional e 10 alunos de Doutorado, além de vagas específicas para alunos estrangeiros nos cursos acadêmicos